現在、楽天市場ミニマムプランですが、新料金だと月々いくらになるのでしょうか？

基本料金（ミニマム）が1,980円と楽天パックオプション1,980円で、合計3,960円（税抜）となります。

基本料金のみで楽天市場、ヤフーショッピング、DeNAショッピング出品してもよいのでしょうか？

はい、問題ありません。基本料金に「ベーシックパック」が付いてますので、ベーシックパックのデータを加工することで、あらゆるショッピングモールの自店舗に商品を掲載できます。