在庫がなくなった場合は、その後在庫が復活する可能性があるため、「在庫切れ」の状態で販売ページが残ります。

オプションパック「MakeShopデータ自動同期」をご利用いただくことで、お取り扱い終了となった商品は自動的に販売ページから表示されなくなりますが、商品は登録された状態のままとなります。

商品削除については、MakeShop管理画面にて削除用CSVデータをアップロードいただく形で別途作業が必要となります。
>>（参考）MakeShopオンラインマニュアル　商品一括削除